La Fondation Jean-Marie Lehn est administrée par un conseil disposant de 11 sièges, répartis de la manière suivante :
Collège des fondateurs initiaux (6 sièges)
Université de Strasbourg (2 sièges)
Président de l’Université de Strasbourg (Michel DENEKEN)
Vice-Président Recherche, formation doctorale et sciences ouvertes de l’Université de Strasbourg (Rémi BARILLON)
CNRS (2 sièges)
Directeur de l’Institut de chimie du CNRS (Jacques MADDALUNO)
Directeur régional de la Délégation Alsace du CNRS (Géraud DELORME)
BASF France
Nicolas NAUDIN, Président de BASF France
Bruker Biospin
Place vacante
Collège des personnalités qualifiées, scientifiques externes (2 sièges)
Bernard MEUNIER, Président de la Fondation Jean-Marie Lehn
Patrick MAESTRO, Directeur scientifique du groupe Solvay
Collège des membres de droit (1 siège)
Collectivités territoriales
Pascale GAILLOT, Région Grand Est, Conseillère régionale
Commissaire du Gouvernement avec voix consultative
Recteur de l’Académie Grand Est
Autre collège
Représentant du monde économique
Stephan JENN, Président de NovAliX
Représentant des enseignants-chercheurs
Sylvie Ferlay, Professeur à l’Université de Strasbourg, au sein du Laboratoire de Tectonique moléculaire du Solide. Nommée membre IUF Junior, Octobre 2010